Les exploitations agricoles font l’objet de contrôles réguliers portant sur les aides PAC, l’environnement, l’eau et la sécurité sanitaire. Une non-conformité peut entraîner des sanctions financières, des obligations de mise en conformité, voire des poursuites. Pour éviter les mauvaises surprises, une bonne anticipation est essentielle : documents à jour, installations conformes et respect des réglementations. Découvrez quels contrôles d’exploitation agricole peuvent avoir lieu sur une exploitation et quelles bonnes pratiques adopter pour s’y préparer.
Les principaux points de vigilance environnementaux : PAC, Nitrates, ICPE et Phyto
Certaines réglementations environnementales doivent faire l’objet d’une vigilance accrue de la part des exploitants.
Dans le cadre de la PAC, le respect des critères de conditionnalité est crucial. Ce pour éviter des pénalités sur les aides.
Ces contrôles d’exploitation agricole portent notamment sur la conditionnalité des aides. Cela inclut :
- La rotation des cultures ;
- La préservation des prairies permanentes ;
- La gestion des couverts végétaux ;
- Le respect des obligations en zones Natura 2000.
En cas d’anomalies ou de non-respect des règles, les exploitants peuvent se voir appliquer des sanctions financières. Elles vont d’une réduction partielle à une suppression totale des aides PAC pour l’année concernée. Selon la gravité, l’étendue et la persistance du constat.
La directive Nitrates impose des contraintes strictes sur la gestion des fertilisants et des effluents d’élevage. Ce notamment en zones vulnérables et en zones d’actions renforcées, avec des obligations de stockage et d’épandage à respecter.
Les installations classées pour la protection de l’environnement (ICPE), dans le secteur de l’élevage, font l’objet d’inspections régulières. Ces dernières portent sur les normes de stockage des effluents, la protection des eaux et la gestion des déchets.
Enfin, l’usage des produits phytosanitaires est encadré par des contrôles renforcés. Ces contrôles portent sur le stockage, l’application et la formation des utilisateurs (Certiphyto).
Comment se préparer efficacement aux contrôles d’exploitation agricole ?
Pour éviter toute mauvaise surprise, il est essentiel d’anticiper et d’être rigoureux dans la gestion administrative et réglementaire de son exploitation.
Voici quelques bonnes pratiques :
- Mettre à jour les documents obligatoires : réaliser un plan prévisionnel de fumure, un cahier d’enregistrement des pratiques, détenir un registre phytosanitaire, un plan d’épandage, les factures des intrants et les certificats de formation (Certiphyto,…) ;
- S’assurer de la conformité des installations : Vérifier le stockage des phytosanitaires, l’état des dispositifs de stockage des effluents et la validité des autorisations de prélèvement d’eau ;
- Anticiper les inspections PAC : S’assurer de la correspondance entre les surfaces déclarées et la réalité terrain, et respecter les obligations environnementales associées ;
- Respecter les règles sanitaires et de biosécurité : Pour les éleveurs, tenir un registre des traitements vétérinaires, appliquer les protocoles de prévention des maladies et s’assurer du bon état des bâtiments et des équipements.
Le contrôle unique
Le 4 novembre 2024, le Premier ministre a signé une circulaire visant à instaurer un « contrôle unique » annuel pour les exploitations agricoles. Ce dispositif, coordonné par les préfets de département, vise à limiter à une seule visite annuelle les contrôles administratifs nécessitant une présence physique sur l’exploitation.
Les contrôles sur place seront remplacés par des contrôles sur pièces chaque fois que possible, notamment pour les aides de la PAC liées aux surfaces, qui seront désormais effectués principalement à partir d’images satellites.
Une bonne préparation permet de gagner en sérénité et d’éviter des sanctions parfois lourdes.
En cas de doute, il est recommandé de se faire accompagner par des conseillers spécialisés.

Entraid Médias et Cogedis sont partenaires pour vous accompagner dans la gestion de votre exploitation agricole. (Crédit : Adobe Stock)
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